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1月
1日，江澤民主席在全國政協新年茶話會上指出，解決臺灣問題，實現祖國完全統一，是中華民族的根本利益所在。合則兩利、分則兩害，兩岸統一是大勢所趨，是任何力量也改變不了的。
2日，臺“行政院”通過加入WTO後兩岸經貿調整原則，包括“首先盡速開放兩岸直接貿易”、“分階段擴大開放大陸農工產品進口”等。
5日，澳門特別行政區政府宣布，準許臺灣駐澳門代表機構“臺北經濟文化中心”辦理當地民眾及大陸居民赴臺的簽證業務。
7日，陳水扁接見“美臺安全檢討委員會”訪問團，聲稱兩岸關係應追求新的平衡，即政治的平衡、經濟的平衡及軍事的平衡。
9日，陳水扁接見“臺灣國防安全與海權發展國際研討會”與會者代表時聲稱，臺海安全絕不是海峽兩岸的事務，因為臺灣是日本、新加坡與歐洲間海上必經的要衝，臺灣海峽的和平及穩定對亞太及世界的安全有密切的關係。
10日，陳水扁接見美國大西洋理事會訪問團時，提出“提升並改善兩岸關係的五個關鍵點”，即：第一，能否以“民主、自由、人權”為信仰；第二，能否尊重臺灣人民自由意志的選擇；第三，能否接受與尊重“在臺灣的中華民國是一個主權獨立的國家”；第四，能否尊重陳水扁出任“第十任總統”的選舉結果；第五，能否能以擱置爭議、加強接觸與對話，來改善兩岸關係，降低、化解爭議歧見于無形。
同日，“立法院內政委員會”審查通過“行政院”所提“大陸地區人民在臺灣地區居留數額表”。
13日，陳水扁在“臺灣人公共事務會（FAPA）慶祝成立20周年大會”上宣布，已于11日批準“外交部”所呈“將中華民國護照加注臺灣英文字樣”公文，並強調“這是送給FAPA20周年慶最重要的禮物”。
15日，中臺辦、國臺辦新聞發言人就臺灣當局不斷進行“漸進式臺獨”活動強調指出，任何形式的“臺獨”都是絕對不允許的。臺灣當局如果誤判形勢，只會加劇兩岸關係緊張，必將自食惡果。
17日，臺“立法院”三讀通過“離島建設條例”部分條文修正案。
18日，臺“內政部”公布“大陸地區專業人士來臺從事專業活動許可辦法”修正案。
24日，錢其琛副總理在紀念江澤民主席《為促進祖國統一大業的完成而繼續奮鬥》重要講話發表7周年座談會上發表了重要講話。25日，民進黨秘書長吳乃仁就此表示，只要大陸可以接受民進黨的黨職身份，民進黨的黨務人員可以用公假與公費訪問大陸。
30日，國務院臺灣事務辦公室發言人發表談話指出，民進黨只有徹底拋棄“臺獨黨綱”，才能消除與我們接觸的障礙，也才能夠在兩岸關係中有所作為。
2月
1日，臺“行政院”舉行交接典禮。新任“行政院長”遊錫�珗嚙刋亅`理談話正式作出回應，稱希望以實際的訪問行動，從經濟議題著手，奠定兩岸重啟對話的基礎；並稱願意派遣有關人員前往大陸訪問，並就雙方關切的議題，例如兩岸投資保障協定、“小三通”或是對“92會談”過程及結果解讀的爭議等，廣泛交換意見。如大陸方面有意正式來訪，臺誠摯歡迎，兩岸可先就兩岸經濟合作機制打開兩岸溝通管道。
4日，海峽兩岸關係協會駐澳門特別行政區辦事處舉行成立挂牌儀式。
9日，廈門部分臺商及眷屬在臺當局“專案許可”下，第一批181人從廈門乘船直航金門再搭機返臺過節，第二批108人10日經由金門中轉返臺。
11日，朱鎔基總理在春節團拜會上指出，我們要繼續貫徹“和平統一、一國兩制”的基本方針和江澤民主席關于解決臺灣問題的八項主張。我們堅決反對一切妄想把臺灣從祖國分裂出去的圖謀。我們將堅持在一個中國原則的基礎上，促進恢復兩岸對話與談判，努力推動兩岸關係發展。
15日，臺“經濟部”公布兩岸加入世貿組織（WTO）後第一批大陸物品開放進口清單，共2058項。
20日，臺“陸委會主委”蔡英文出席由“兩岸共同市場基金會”舉辦的“第一屆兩岸經貿研習營”活動開幕典禮表示，“政府”現階段的重要任務，是將兩岸間的政治關係做一適度處理，並在兩岸間建立一個必要的溝通機制和管道，為兩岸經貿正常化提供穩定的政治環境。
21日，陳水扁出席“臺商春節聯誼晚宴”時表示，希望朝野各政黨能夠積極參與，重新啟動“跨黨派兩岸小組”機制。
同日，“陸委會副主委”鄧振中承認，所謂“小三通”第一階段因實施項目和范圍有限，經濟效益不多。
22日，臺“陸委會副主委”鄧振中在例行記者會中針對美國總統布什訪問大陸表示，希望大陸在與美國改善關係的同時，能盡快恢復兩岸的正常協商與互動，早日在WTO架構下，就兩岸貿易關係正常化展開談判。
23日，由召集委員林鉅鋃率領的“監察院”專案小組赴金門了解“小三通”實施一年的情形，並要求“陸委會”對“小三通”目前的開放情況進行檢討與改善。
24日，經中央政府特別批準，被佛教界喻為“世界第九大奇跡”的陜西扶風法門寺釋迦牟尼佛指舍利在兩岸佛教界人士的護送下，經香港抵臺北，引來兩岸十多萬佛教信眾沿途頂禮膜拜。
26日，陳水扁與美國哈佛大學學者舉行視訊會談，稱WTO是兩岸最好的對話平臺，但不是唯一的舞臺，“在民主、對等、和平的基礎原則下，雙方可進行任何對談。”
同日，臺“中央研究院長”李遠哲發表“新春抒願”新聞稿，明確支持島內8寸晶圓廠赴大陸投資設廠。
同日，針對“行政院”日前修訂“兩岸人民關係條例施行細則”將外蒙排除在“大陸地區”之外，臺“外交部”表示今後外蒙地區人士來臺將比照外國人，由“外交部”辦理簽證。
同日，金門與廈門首次同步施放高空煙火，共慶元宵佳節。
27日，隸屬于廈門輪船總公司的“中洲輪”自廈門同益碼頭出港，直航駛入金門料羅碼頭，創下兩岸“小三通”以來，首艘大陸籍的貨輪經兩岸相關部門核準，載貨穿越金廈海域直接靠岸的新紀錄。
3月
4日，在斷航及島內航空業者亟欲增加臺港航線班次的壓力下，臺“陸委會”主動要求“民航局”聯係香港國泰及港龍航空代表赴臺進行磋商，雙方均口頭承諾：臺港航權新一回合談判模式將比照臺澳航權談判層級，臺以臺北航空運輸同業公會為首，香港仍將由國泰和港龍航空出面簽約，而臺“民航局”官員可以“公會顧問”身份參與談判。臺港航約續約談判風波至此告一段落。
5日，朱鎔基總理在九屆人大第五次會議政府工作報告中指出，世界上只有一個中國，大陸與臺灣同屬一個中國，中國的主權和領土完整不容分割。一個中國的原則是發展兩岸關係、促進祖國和平統一的基礎和前提。我們堅持在一個中國原則的基礎上恢復兩岸對話與談判，進一步擴大兩岸經濟、文化交流，推動兩岸關係發展，盡早實現直接“三通”。
同日，臺“陸委會主委”蔡英文在“立法院”表示，開放8寸晶圓廠登陸，有如放“老虎”出閘。
7日，陳水扁接見“日本記者俱樂部亞洲視察團”時稱，臺灣將與美國攜手合作維持兩岸的軍事平衡，在經濟面也不應該對中共過度依賴，並強調“有必要與美國、日本締結自由貿易協定”。
8日，臺“行政院長”遊錫�狾b“立法院”接受質詢時提出開放晶圓廠登陸四大原則：總量管制、相對投資、研發技術留在臺灣、0.25微米以下精密技術須管制。
9日，包括“臺灣教授協會”、臺灣團結聯盟、“建國黨”、臺灣工程師協會、臺灣教師聯盟、臺灣筆會、臺灣北、中、南社等10多個島內“獨派”團體發起“8寸晶圓延緩開放，根留臺灣減少失業”的千人遊行，並向“經濟部”遞交抗議聲明，要求臺當局必須在“有效管理”的前提下才能開放8寸晶圓廠登陸。11日，“立法院科技及資訊委員會”再邀請“經濟部”、“陸委會”、“國科會”、“財政部”、“法務部”與“央行”等相關“部會”首長專案報告8寸晶圓登陸案，一致支持在“有效管理”的前提下開放8寸晶圓廠登陸投資。
11日，中國人民銀行行長戴相龍宣布核準臺灣世華銀行在上海浦東、彰化銀行在昆山設立辦事處，臺有關當局表示歡迎，認為這是兩岸金融良性互動的開始。
12日，臺灣團結聯盟“立法院”黨團召開會議，重申反對開放8寸晶圓廠赴大陸投資的立場，並將矛頭指向“行政院副院長”林信義，要求其辭職“以示負責”。
15日，臺“經濟部長”宗才怡在“立法院”表示，只要法律許可，會採“積極協商，個案處理”方式，開放“國營業事”赴大陸投資。“陸委會主委”蔡英文也表示，“國營事業”赴大陸投資“有討論的空間”。
17日，2002年“世界臺灣人大會”在臺舉行。
18日，六年前在臺灣中正機場設立“亞太轉運中心”的美商優比速（UPS）公司，鑒于兩岸無法直航，決定啟用設在菲律賓的轉運中心，以搶佔大陸龐大的市場商機，引起島內各界震驚。
19日，由“立法院”跨黨派“立委”組成的“海峽論壇”成立。
同日，臺“交通部”研訂完成“大陸郵件處理要點”草案。
22日，臺“經濟部大陸投資產官學專案小組”就8英寸晶圓廠登陸案達成三點共識，同意“在盡速建立有效管理機制”前提下，開放8英寸晶圓舊廠赴大陸投資。
26日，由臺“中國信托銀行”與美國“戰略暨國際關係研究中心”（CSIS）舉行的圓桌會議在臺北開幕。陳水扁致辭表示，追求一個“平衡的兩岸關係”，不僅符合美國在亞太地區的利益，更有助于兩岸關係的正常化。
27日，國務院臺辦發言人指出，將表述一個中國原則的“新三句”鄭重寫入政府工作報告，並由九屆全國人大五次會議審議通過，充分反映了全國人民早日實現祖國統一的意願。
同日，臺“行政院”通過“臺灣地區與大陸地區人民關係條例部分條文修正草案”，適度開放陸資入島。
同日，“行政院”通過“臺灣地區與大陸地區人民關係條例部分條文修正草案”。
29日，臺“行政院長”遊錫�狴l開記者會，宣布小規模開放8寸晶圓廠赴大陸投資，開放項目以8寸以下晶圓廠舊設備作價投資為優先，並採總量管制，以2005年以前核準投資三座為上限，持續多時的8寸晶圓登陸爭議暫時劃下句號。
同日，“行政院長”遊錫�狾b“立法院”總質詢時聲稱，因為行政、考試等“五院中央機關”都設在臺北市，所以“中華民國的首都就是臺北”，“教育部”應盡可能趕在下學期前將教科書里的“中華民國首都”更改為臺北市。
30日，臺灣團結聯盟“立委”陳建銘擬提案修改“國籍法”部分條文，將“中華民國國籍”取得方式從現行的“血統（屬人）主義”為主，改為“出生地（屬地）主義”為主，即必須出生在臺、澎、金、馬等“中華民國”有效管轄領域者才可擁有“國籍”，借此排除“非臺生”者競選“總統”。
31日，根據“陸委會”專案，首批分別來自福州、泉州、漳州和莆田的126人經核準以清明節掃墓名義，經由“小三通”模式搭乘廈門“同安號”客船直航金門，再搭機回到臺北、高雄，返臺祭祖。4月2日、3日另有2批由廈門直航金門，他們均將于清明節過後，分兩批在4月7日、10日再經金門“中轉”返回大陸。
同日，海峽兩岸關係協會致函臺灣海峽交流基金會，就臺灣地區發生7.5級強烈地震向臺灣受災同胞表達誠摯慰問。
4月
1日，世界珍寶佛指舍利赴臺巡禮37天後，在300百多迎歸送團護持中，送回陜西扶風法門寺。
同日，臺灣海峽交流基金會回函大陸海協，對“3·31地震”當晚海協致函海基會表達關切及慰問表示謝意。
2日，臺“立法院”三讀通過“兩岸關係條例修正案”，開放陸資入臺投資土地及不動產。臺“行政院長”遊錫�狶@出政策性宣示，為配合“中華旅行社”香港機場辦事處的設置，將擴大開放大陸人士來臺觀光。
3日，錢其琛副總理在會見菲律賓中國統促會訪問團時指出，實現中國和平統一是包括臺灣同胞在內的所有中華兒女的共同心願，任何人以任何形式鼓吹和推動“臺獨”，都違背臺灣同胞的主流民意，都損害中華民族的根本利益，必將遭到海內外中華兒女的堅決反對。
8日，蔡英文在“立法院內政委員會”提出“兩岸關係條例修正檢討報告”，稱開放“三通”是“陸委會”下一階段要做的事，但又稱“三通”事涉公權力，宜由“政府”來談判；兩岸“三通”的討論架構，可以在世界貿易組織的架構下進行。
12日，臺灣區電機電子同業公會、臺北市電腦公會、臺灣半導體協會、臺灣液晶顯示器產業協會以及科學園區同業公會等島內5大科技產業團體聯名提出書面說帖，反對當局擬在“國家科技保護法”中，要求科技人才“登陸”事先報備，並列冊管制。
15日晚，王永慶夜宴陳水扁、“行政院副院長”林信義、“經濟部次長”陳瑞隆、“外交部次長”高英茂及神通集團董事長苗豐強等島內產業界負責人。王永慶要求當局現階段趕快“大三通”，陳水扁則回應稱，現階段是否“大三通”，取決于大陸。
16日，由金門縣政府經營的“太武號”客輪駛往廈門，金門、廈門之間定期航班正式開航。
17日，臺“行政院國科會”公布“臺灣地區特定高科技人員進入大陸地區任職許可辦法。
25日，國務院臺辦負責人就向臺灣供水問題發表談話表示，祖國大陸願為金門、馬祖、澎湖地區提供淡水。
28日，在“汪辜會談”屆滿9周年之際，海基會董事長辜振甫發表書面談話稱，兩岸兩會制度化協商管道無可取代，兩會有必要依照九年前“汪辜會談”各項協議與共識的既有基礎，盡速恢復協商。
30日，臺“經濟部”公告高科技貨品管制清單，增列“大陸地區”為“戰略性高科技設備及技術輸出管制區”，限制23項半導體制造設備輸往大陸。
5月
1日，美國總統布什在會見到訪的中國國家副主席胡錦濤時表示，美方了解臺灣問題的敏感性。美國政府奉行一個中國政策，遵守美中三個聯合公報。美方的這一政策立場沒有改變。
同日，“立委”曹原彰、連江縣議長陳振清、自來水廠長林貽德等5人到大陸協商買水事宜。3日，金航海運公司油輪“金航二號”自高雄港出發，4日抵達馬祖後轉往大陸福建馬尾運水，成為兩岸首艘運水船。
同日，臺“行政院”通過第二階段開放大陸人民來臺觀光案，自5月10日起，赴境外旅遊、商務考察或旅居國外（包括港澳地區）4年以上的大陸地區人民、隨行配偶及直係親屬皆可來臺觀光。
2日，胡錦濤副主席在美中關係全國委員會等8團體舉行的晚宴上發表演講時指出，臺灣問題始終是中美關係中最重要、最敏感的核心問題，希望美方嚴格履行向中方作出的承諾，為中國實現和平統一發揮建設性作用。
同日，陳水扁會見美國外交政策委員會代表團稱，兩岸關係的改善，沒有任何個人、臺商或是政黨可以代替政府做決定，“必須政府和政府打交道”。
7日，江澤民主席在會見美國前總統布什時強調，中國人民是不會答應“臺獨”的，早日解決臺灣問題有利于中美關係的發展，有利于亞太和平。
9日，陳水扁偕媒體主管展開“用心看臺灣”之旅，在首站金門大擔島發表談話，稱邀請江澤民到臺灣訪問，並提出所謂“三項主張”：一、兩岸關係的正常化必須是從經貿關係正常化開始，兩岸政治統合的第一步必須從經貿及文化的統合開始著手；二、兩岸必須重啟協商大門，方能減少誤會及誤判，復談的第一步就是先行互訪；三、兩岸“三通”是必走的一條路。
10日，陳水扁再度對兩岸關係發表談話，提出在兩岸“三通”議題上臺灣不能“被矮化、地方化與邊緣化”三原則，同時表示可以考慮“授權”民間談判“三通”。
12日，陳水扁接受美國《新聞周刊》專訪聲稱，“臺灣適合當一個獨立的國家，這是事實（真理），不管人家同不同意、接不接受，臺灣已經是一個獨立的國家”。
14日，臺灣團結聯盟在“立法院”臨時提案，要求陳水扁在“五·二○”就職2周年時宣示裁撤“國家統一委員會”，廢除“國家統一綱領”，並成立“國家發展委員會”，訂定“國家發展綱領”。
16日，臺“中國石油公司”以OPIC子公司名義與大陸中國海洋石油總公司（CNOOC）簽訂兩岸歷史性的臺（南）潮（汕）石油合作勘探與開發協議。
19日，由“中國統一聯盟”發起的“反臺獨、救臺灣萬人大遊行”在臺北街頭熱烈舉行，同時發表《向臺獨說不——反臺獨暴力宣言》，呼吁臺灣當局立即揚棄一切“臺獨”政策，承諾“九二共識”，重啟兩岸談判。
22日，“陸委會主委”蔡英文在“立法院”表示，在兩會未正式恢復協商前，臺方將適度委托其他民間機構處理兩岸事務。“行政院長”遊錫�狾b“院會”裁示，“要善用民間力量協助促成兩岸早日談判”。
25日，臺灣“中華航空公司”CI611航班由臺北飛往香港途中在澎湖附近海域不幸失事，機上206名乘客和19名機組人員全部遇難。27日，國家主席江澤民對此表示高度關切，批示各有關方面一定要盡全力協助搜救，並協助做好有關善後的工作。
27日，國、親兩黨“立法院黨團”舉行聯合記者會，表示將共同提案修正“兩岸人民關係條例”，解除現行兩岸直航限制，全面開放兩岸直航。
30日，臺“立法院外交委員會”通過民進黨“立委”蔡同榮與無黨籍“立委”陳文茜等人的“臨時動議”，決議“建請政府在護照封面上的英文‘Passport’前增列‘Taiwan’字樣”。
31日，臺“內政部”、“國防部”與“陸委會”召開聯合記者會，針對北京大學教授林毅夫申請返臺奔喪一案宣布“同意準予入境”，但“相關法律責任，仍應由軍法機關依法處理”。後來臺當局出爾反爾，拒絕林毅夫入境。
6月
3日，臺“陸委會主委”蔡英文與朝野政黨及無黨籍“立委”顏清標代表協商簽字確定，將在3個月內以專案形式實施澎湖“小三通”。若一切順利，最快可望于2003年6月實施“大三通”。
4日，“立法院內政委員會”審查國親兩黨黨團聯手提案的開放兩岸通航的“兩岸關係條例”修正草案。
12日，臺“教育部長”黃榮村稱，將在三年內把國語、客家話、河洛語（閩南語）、原住民語群並列為“國家語言”。
19日，臺“行政院”通過“陸委會”所提有關“小三通”政策調整辦法。
23日，分別由國民黨“立委”何智輝、章孝嚴及親民黨“立委”傅昆萁率領的國民黨“海峽兩岸聯合經貿協會三通訪問團”、臺灣“中國臺商發展促進會三通訪問團”和臺灣“海峽兩岸政經交流聯誼會三通參訪團”相繼抵達北京，就兩岸“三通”及兩岸經貿問題與有關部門交換意見。
29日，耗時1年之久，歷經七次談判，港臺新航約終于在延期截止日前一天正式完成簽約。
7月
2日，由島內大型集團企業負責人組成的“三三會”在會長辜濂松率領下組團訪問祖國大陸。
5日，錢其琛副總理先後會見了由臺灣統一集團總裁高清願率領的幾十家臺灣知名企業家參加的考察團和臺灣知名人士、“山盟”總幹事許信良率領的促進兩岸“三通”訪問團。
同日，陳水扁在馬拉威表示，海基會的階段性任務已經完成，但目前“並沒有更換海基會高層人事的計劃”。
7日，正在非洲活動的陳水扁仍稱，如果把“三通”視為“國內事務”，就是一種預設前提，這是不可以的。
10日，臺“教育部國語推行委員會”表決通過決議，建議“教育部”對中文譯音係統採“通用拼音”版本。此舉立即引起了島內各界的強烈反對。
13日，由前“立法委員”賴士葆發起的“中華知識開發協會”舉行成立大會。“陸委會主委”蔡英文致詞時表示，“政府”將開放島內企業直接到大陸投資，不必再經由第三地轉進大陸。
17日，國民黨主席連戰在中常會上針對兩岸關係和島內政局，提出“朝野政黨協商，兩岸政黨交流”、“雙軌協商，加速直航”、“交流促和，民主保臺”三大主張。
19日，“行政院”為期兩天的“挑戰二○○八——國家發展重點計劃”全體研討會閉幕，結論聲稱“三通為經濟發展之重要變數，應由政府部門先行準備，依兩岸關係進展，規劃相關準備程序”。
同日，臺“陸委會”召開委員會議，通過修正《大陸地區人民相關許可辦法》。同時通過的《大陸地區人民來臺定居居留許可辦法》，增列了未來臺灣配偶死亡後，如果其大陸配偶須照顧65歲以上的父母或未成年子女，可以申請專案居留。“陸委會”也宣布，已取得居留權的大陸配偶返回大陸探親的期限延長為120天。
22日，上海與臺北之間實現“一機到底”間接直航。
23日，臺軍方“國防報告書”（白皮書）出爐，首度將“建立兩岸軍事互信機制”列為重要篇章。
25日，福建省泉州市天後宮媽祖及護駕團乘船直航澎湖馬公港，實現了兩岸分離半個世紀以來，祖國大陸與臺灣省澎湖縣間首度直航。
30日，陳水扁首度主持中執會時闡明民進黨的兩岸政策，提出以“臺灣前途決議文”為指導中心，宣揚臺灣已是“主權獨立國家”和“南向政策”。
31日，“行政院會”通過“試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法”部分條文修正案。
同日，“陸委會”宣稱將修正“兩岸人民關係條例”，把現行臺灣民眾赴大陸須經主管機關“許可”的制度，改為“查驗制”或“申報制”；公務員、涉及“國家安全”機密的人員仍維持“許可制”，違反相關規定者，將加重處罰，處20萬至100萬元罰款。
8月
3日，陳水扁向在日本東京開幕的“第29屆世界臺灣同鄉聯誼會年會”發表電視講話時，聲稱要“走我們臺灣自己的路”；“臺灣是一個主權獨立的國家”，即“臺灣跟對岸中國一邊一國，要分清楚”；並稱“要認真思考公民投票立法的重要性和迫切性”。
5日，受“一邊一國”論影響，臺北股市集中市場加權指數大跌284.22點，以4636.67點收盤，店頭市場下跌7點，以111.86點收盤，雙雙寫下今年新低。臺灣證券交易所統計，當日股票總市值共縮水5743億元。
6日，陳水扁在民進黨中常會上就其有關兩岸關係的談話提出“五點說明”，稱“一邊一國論”可能會造成誤解，“主權對等論”應較符合完整意旨。
8日，臺“陸委會”宣布禁止臺灣“各縣市政府與對岸地方政府締結姐妹市”。
9日，海峽兩岸關係協會負責人指出，反對“臺獨”分裂，實現國家統一，是祖國大陸方面堅定不移的立場。我們絕不坐視與姑息任何“臺獨”挑釁。
23日，民進黨“中國事務部”主任陳忠信在參加國民黨智庫舉辦的“經發會兩岸組共識周年回顧”座談會時稱，兩岸航線應是“特殊航線”，至于如何“特殊”，雙方可以各自定義。
26日，國家副主席胡錦濤在會見美國副國務卿阿米蒂奇時指出，“臺獨”勢力的分裂活動是臺海地區和平穩定的最大威脅，是亞太地區和平穩定的破壞因素。我們絕不允許搞“臺獨”，絕不容忍“臺獨”勢力對中國主權和領土完整的損害。阿米蒂奇重申，美國政府不支持“臺灣獨立”。陳水扁的“一邊一國”言論不會影響中美第三次高峰會晤。
28日，“內政部”發布新修正的“進入大陸地區許可辦法”。
30日，陳水扁參加記者節茶會時，說明其“一邊一國”談話的三個背景：一、他接任民進黨主席後，決定用“臺灣前途決議文”解決“臺獨黨綱”的問題；二、面對內外“臺灣正名運動”的聲音，他要表明改變現況必須由全民決定，而非他一人；三、因應對岸一再強調兩岸直航署國內事務，他“作為中華民國的領導人，必須強調我們是主權獨立國家”。
9月
3日，臺“監察院”就已試辦一年多的“小三通”政策提出糾正。
5日，“行政院”通過修正“試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法”。
11日，臺“內政部”公布修正的“大陸地區人民在臺灣地區定居或居留許可辦法”及“大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法”。
14日，陳水扁再提兩岸“一邊一國”、“主權對等”論。
16日，福州馬尾經濟文化交流合作中心赴臺灣馬祖訪問團與臺灣馬祖經貿文化交流聯誼會簽署了5項重大民間商業合作協議。“陸委會”認為兩馬交流協議涉及“一個中國”，已明顯違反“兩岸人民關係條例”規定。
18日，“美國在臺協會臺北辦事處處長”包道格在美國商會發表演說稱，臺灣採取防禦策略對抗大陸，將降低臺灣對外資投資的吸引力，並有被孤立與失去未來商機的危險。
20日，錢其琛副總理在第七次全國臺灣同胞代表會議上重申，世界上只有一個中國，大陸和臺灣同屬一個中國，中國的主權和領土完整不容分割。他指出，臺灣當局領導人不久前鼓吹大陸與臺灣是“一邊一國”，煽動以所謂“公投方式”決定臺灣前途，這一分裂言論與李登輝的“兩國論”一脈相承，是對一個中國原則的公然挑釁。搞“臺獨”沒有出路，任何分裂國家的圖謀都是注定要失敗的。
25日，國務院臺灣事務辦公室負責人表示，“法輪功”在臺灣臺北市地區發射非法電視信號，幹擾鑫諾衛星是嚴重違法犯罪活動。臺灣方面有責任立即制止這種犯罪行為。26日，國家無線電監測中心公布幹擾鑫諾衛星測試結論，確定幹擾源位于臺北市，位置為東經121度30分30秒，北緯24度51分04秒周圍。
同日，臺“行政院”通過“兩岸關係條例”修正草案。
27日，李登輝在日本《衝繩時報》刊出的專訪中稱釣魚島“是日本的領土”，遭到島內各界強烈反彈。“行政院長”遊錫�狾b“立院”答詢時被迫表示，釣魚島是“中華民國領土，屬于宜蘭縣頭城鎮。
30日，朱鎔基總理在慶祝中華人民共和國成立53周年招待會上指出，我們將繼續“和平統一、一國兩制”的基本方針和江澤民主席提出的八項主張，努力推動兩岸關係朝著和平統一的方向發展。最近，臺灣當局領導人接連發表“臺獨”分裂言論，這是對一個中國原則的公然挑釁，遭到包括臺灣同胞在內的全中國人民和全世界華人的強烈譴責。任何分裂國家的圖謀都是注定要失敗的。
10月
1日，民進黨中常會討論“兩岸人民關係條例”修正草案，並達成4項決議。
10日，陳水扁發表“國慶”祝詞，要我“將部署在海峽對岸的四百枚飛彈立即撤除，並公開宣示放棄武力犯臺”。
同日，國民黨中常委江丙坤和高清願在國民黨中常會上提出建議，要求臺灣當局從兩岸關係入手提升島內經濟。主張為營造和諧的經貿環境，“政府”應促成兩岸簽訂50年和平協定；呼吁兩岸“五十年不談政治”，盡速推動“大三通”。
15日，國家副總理錢其琛會見臺灣訪問團時表示，兩岸“三通”是“經濟問題”，“三通”談判可以不涉及一個中國的政治涵義，只要兩岸通過民間組織協商達成共識，由雙方各自確認就可以盡快通起來；如果雙方無法就“國際”或“國內”航線取得共識，不如稱為“兩岸三通”航線。
同日，民進黨中執會通過“尋求跨黨派支持，呼吁中共拆除沿海飛彈討論案”，民進黨將責成“立法院”黨團幹部盡速尋求在野黨的支持以在“立法院”通過相關決議。在野黨均表支持。
同日，臺“經濟部”通過“華航”投資大陸中國貨運航空公司案，“華航”準備將投資15億臺幣購買中國貨運航空公司25%的股權，這是兩岸航空業迄今最大的合作投資案。
18日，針對錢其琛副總理有關“兩岸航線”的談話，陳水扁正式回應稱，“只要對岸不要附加前提，並且有協商的意願，兩岸應該可以很快達成直航的目標”。同時強調他所謂的直航“三不政策”，就是“臺灣不能被矮化、被邊緣化及被地方化”，兩岸協商對話要在“民主、對等、和平”的三原則下進行。
20日，國民黨“立委”章孝嚴在與島內航空業者初步會商後，決定以“公司對公司”的模式，在今年底之前，推動“臺北－上海包機直航”。“陸委會”則否認目前有試辦“包機直航”的規劃。至月底，該案獲130余位朝野“立委”連署同意。
21日，李登輝在群策會舉辦的國政研討會上再提“釣魚臺是日本領土”，再度引爆在野“立委”強力批評。
22日，“國防部長”湯曜明就開放兩岸直航，明確提出“戰管反應不及、預警時間不足、臺灣空軍訓練空域受到壓縮”等8項嚴重危害“臺海安全”的問題，為此還提出了“兩岸直航必須定點、定航、定時”等28項建議。
23日，陳水扁、“行政院長”遊錫�狺嬪O宣稱，兩岸直航不是臺“經濟發展的萬靈丹”。
25日，中國國家主席江澤民與美國總統布什在美國得克薩斯州布什的家庭牧場舉行會晤，在隨後的記者會上布什總統表示：美方理解臺灣問題的敏感性，堅持一個中國政策，反對“臺灣獨立”。我們讚賞中方關于和平解決臺灣問題的立場。美國政府的上述政策是不會改變的。
28日，臺灣團結聯盟中執會決議，大陸“必須先撤飛彈，才能談兩岸直航”，提出在年底北高市長、“市議員”選舉時舉辦“三通”諮詢性“公投”，將其結果作為臺當局制定政策的依據。
29日，200多位大陸新娘首次走上街頭，抗議“陸委會”版“兩岸關係條例修訂案”將取得身份證的居留期限從8年延長為11年。
11月
1日，“海基會”舉行第4屆董監事臨時聯席會議，推舉產生第5屆董監事人選，通過了“海基會”“捐助暨組織章程”修正案。
同日，國民黨智庫舉行《“一個中國，各自表述”共識的史實》新書發布會。
4日，“教育部長”黃榮村表示，審查新版教科書將採用新案：外蒙古已確定不在中國大陸國界內，“中華民國”的“首都”也確定不是南京。但關于“中華民國”領土是否涵蓋中國大陸，涉及“憲法”及相關法令，若要調整，仍待相關“部會”協商確定，“教育部”才能有所依循。
5日，“行政院長”遊錫�狾b“立院”答詢時聲稱，“三通不是救經濟的萬靈丹，就算三通可以對企業界有一點幫助，政府也不能因為這樣就將國家的尊嚴、對等犧牲掉”。
7日，“考試院會”決議，自明年起，“國家考試”應試科目凡涉“中國”字樣的均改為“本國”。
8日，中國共產黨第十六次全國代表大會召開。江澤民在政治報告中指出，堅持一個中國原則是發展兩岸關係和實現和平統一的基礎。世界上只有一個中國，大陸和臺灣同屬一個中國，中國的主權和領土完整不容分割。對任何旨在制造“臺灣獨立”、“兩個中國”、“一中一臺”的言行，我們者堅決反對。
同日，陳水扁誣稱“中國堅持一國兩制，根本是頭殼壞掉”，“一邊一國要分清楚”，“臺灣自己一定要走臺灣路，就是自由民主和平之路”，“不要以為中共高喊‘三通’、‘兩岸直航’的背後就是和平”。
9日，“國防部”提出“三通”28項評估報告，其中包括8項“嚴重事項”，16項“重要意見”。
11日，“總統府秘書長”陳師孟在“立法院”答詢時稱，“不要把中華民國國旗與中華民國畫上等號”，對目前的“國號國旗國歌”，“有我們自己的不同看法”。12日，國、親兩黨就陳師孟有關“國旗”言論要求陳師孟道歉、下臺。“行政院長”遊錫�珓h稱當局沒有更改“國旗、國號”的規劃。
同日，“行政院”就“包機直航”案發布“準包機，不準直航”評估結果。
17日，臺灣團結聯盟與“獨盟”、北中南社、“臺教會”等團體共同發動“臺灣正名運動”大遊行。隨後，臺灣團結聯盟在“立法院”提出“公投法”草案。
18日，陳水扁在接見美國“美中關係全國委員會”（NCUSCR）訪華團成員時稱，臺灣所關心的就是兩岸通航後“國家安全”能否確保。
19日，李登輝聲稱，要改“憲法”不如制定一個“臺灣基本法”，目前已是“中華民國的第二共和”。
同日，“立法院”朝野黨團協商“陸委會”版“臺灣地區與大陸地區人民關係條例修正草案”。但因親民黨“立院”黨團再度缺席宣告破裂。
25日，臺“海基會”和“陸委會”宣布，從2002年1月26日至2月10日春節期間，將準許臺商透過“間接包機”與“小三通包船”等海空路線返鄉，其適用對象將彈性處理。
12月
2日，“海基會”舉行第五屆董監事第一次聯席會議，推舉辜振甫續任第五屆董事長，並以鼓掌方式通過辜振甫提名的許惠佑、許勝發、張俊宏為副董事長。
4日，臺“行政院院會”通過由“陸委會”、“交通部”共同研擬的“大陸臺商春節返鄉專案”。
6日，臺“交通部”運輸研究所完成“臺灣地區整體國際港埠發展規劃”。
9日，“立法院”就“兩岸關係條例修正草案”進行協商，但由于臺灣團結聯盟堅持不在朝野協商版本上簽字，協商毫無進展，修正案也因此未能完成委員會審查程序而進入院會審議。“兩岸關係條例修正案”遭擱置。
14日，臺“陸委會副主委”陳明通稱，臺商在春節期間以間接包機方式返鄉，按國際慣例並不需要協商，並要求大陸盡早公布臺商申請包機的作業辦法。
（本文作者單位：中國社會科學院臺灣研究所）
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